Các biến chứng liên quan đến cắt bao quy đầu được báo cáo trong 2-10% các trường hợp, bao gồm:
- Xuất huyết (chảy máu mất kiểm soát)
- Nhiễm trùng
- Lở loét
- Hẹp lỗ niệu đạo (cuối lỗ niệu đạo bị hẹp hoặc nghẽn)
- Tổn thương niệu đạo (ống thông nước tiểu nối từ bàng quang )
- Loại bỏ quá nhiều da
- Cắt bỏ dương vật (tỉ lệ 1/1.000.000)
- Biến chứng do gây mê
- Hẹp bao quy đầu thứ phát
- Dị tật cong dương vật thứ phát (tình trạng đầu dương vật cong xuống dưới)
Ngoài ra, trẻ có thể bị tổn thương tâm lý do cắt bao quy đầu
Từ trước đến gần đây, nhiều ca cắt bao quy đầu cho trẻ sơ sinh đã được thực hiện mà không gây mê. Một trong những lý do được viện dẫn là trẻ sơ sinh còn quá nhỏ nên sẽ không nhớ về việc chúng bị đau. Báo cáo của Hiệp hội bác sĩ hoàng gia úc cung cấp bằng chứng quan trọng rằng việc đã từng đau đớn từ rất sớm có thể để lại hậu quả lâu dài ngay cả khi không có trong ý thức bộ nhớ. Những báo cáo gần đây về chủ đề này cho thấy trẻ sơ sinh thậm chí còn có thể nhạy hơn với sự đau đớn, và chúng không phản ứng gì (không khóc) không có nghĩa là chúng không biết đau.